数据库挖掘 数据挖掘工作

在这个大家都在速写字母,冲SCI的时代,可以说一个不会挖掘数据的博士不是一个合格的研究者。

对于从事肿瘤研究的临床医生或基础研究人员来说,从公共数据库中挖掘数据来撰写和发表SCI可以说是最省时省力的方法。今天给大家介绍一些公开的数据吧!

TCGA (Cancer Genome Map)数据库包括常见癌症的基因组、转录组、蛋白质组、表观遗传学数据以及与之相关的临床数据,为挖掘有意义的基因组学变化和发现肿瘤发生、发展和转移等生物学机制提供了海量数据。

GEO是最大和最全面的公共基因表达数据资源。适合研究方向:基本包括所有疾病,不做肿瘤的朋友可以选这个。难度:数据下载和整理比较简单,分析过程需要R编程,这里有点难度,总体来说一般。发帖高度:一般只做地理数据挖掘的文章只能打1-2分,适用文章得分低。

Oncomine拥有最全面的癌症突变谱、基因表达数据和相关临床信息,可用于发现新的生物标志物或新的治疗靶点。Oncomine整合了来自GEO、TCGA和出版文献来源的RNA和DNA-seq数据。通过Oncomine,可以进行差异表达分析和共表达分析,找到某个癌症中的差异表达基因,确定目标基因,确定研究方向。

今天小燕子给大家带来了超详细的数据挖掘教程,包括视频课程和代码。大家一起学习吧~

收藏方法见文末~

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